Reforma má posílit autonomii vysokých škol, a to ve finanční oblasti a v otázce kvalifikačních standardů akademických zaměstnanců (tj. např. stávající jmenovací řízení zakotvená na úrovni zákona budou nahrazena interními kariérními řády specifikujícími požadavky na místa vyučujících, včetně docentů a profesorů).
Každá instituce terciárního vzdělávání v rovině zákonem stanovených „mantinelů" zvolí model řízení, který bude nejvíce vyhovovat typu jejího současného a budoucího zaměření.
Nabídka typů vysokých škol a jednotlivých oborů se „diverzifikuje", aby se celý systém t. v. stal „otevřenějším" pro podstatně širší spetrum zájemců.
Bude posílena role externích aktérů (zaměstnavatelé, oblast kultury, státní správy, neziskový sektor apod.) při řízení terciárního sektoru vzdělávání. Volba modelu řízení na všech úrovních musí jednoznačně odpovídat poslání konkrétní instituce.
S tím souvisí zřízení Rady pro terciární vzdělávání (RTV), „koncepčního, koordinačnho a poradního sboru jmenovaného vládou". Doporučuje se jmenování členů RTV vládou. Předsedou má být člen vlády. Rada by měla mít 18 členů, z toho minimálně polovinu by měli tvořit akademičtí pracovníci příslušné školy. RTV jmenuje správní rady veřejných vysokých škol. V RTV by kromě představitelů akademické obce měly být zastoupeny významné a vysoce respektované osobnosti z oblasti výzkumu, vývoje a kultury, domácí a zahraniční experti na oblast terciárního vzdělávání, představitelé zaměstnavatelů, finančního a neziskového sektoru.
Zákonná úprava zachová existenci správních rad, rektora a akademického senátu univerzity, u všech ovšem dojde k posunům v kompetencích i v povinnostech. Vliv externích aktérů se bude projevovat zejména na strategické úrovni a v úrovni kontrolní a hodnotící. Role správní rady nabude na významu (tento orgán bude nástrojem pro monitorování a ovlivňování základních strategických kroků instituce). Správní rada by měla plnit ve vztahu k vedení instituce i roli kontrolní a hodnotící a podílet se na výběru klíčových osob v managementu institucí, tedy zejména rektora. Akademické senáty vysokých škol si ponechají nezastupitelnou roli v projednávání a schvalování, nikoliv tvorbě vnitřních předpisů instituce. Složení a zakotvení role akademických senátů a vědeckých rad napříč vnitřní strukturou instituce by mělo být ponecháno na rozhodnutí vysoké školy, ale mělo by být v souladu s jejím posláním a typem uskutečňované činnosti.
Systém t. v. „naplní očekávání zaměstnavatelů a potřeby společnosti", což mimo jiné znamená zúžení vazeb mezi sektorem zaměstnavatelů (státních i soukromých) a vysokými školami. Zaměstnavatelé si v některých případech budou více moci modelovat profil absolventů dle svých potřeb a budou se tvořit společné výzkumné týmy veřejných institucí výzkumu a vývoje a soukromých firem.
Mezi akademickými pracovníky musí být v čím dál větší míře nejen skuteční experti ve svém oboru, ale také manažeři projektů disponující vynikajícími organizačními a komunikačními schopnostmi, které jim následně umožní nejenom rychle a efektivně „prodat" výsledky své práce, ale také pro svou budoucí výzkumnou činnost nacházet další partnery, a to zejména ze soukromé sféry.
Přijmou se nová kritéria pro hodnocení vysokých škol a jejich akademických pracovníků, např. dle vzoru Metodiky hodnocení výsledků výzkumu, vývoje a inovací Rady pro výzkum, vývoj a inovace. (Tyto metody hodnocení by neměly proti sobě stavět „exaktní" a „měkké" obory, školy technické a umělecké.)
Navrhuje se nově pojatý systém akreditace, který by se měl soustředit spíše na širší oblasti studia a klást důraz na kvalitu výstupu než na formální požadavky typu počet docentů na katedře. Bude třeba přizpůsobit složení a infrastrukturu akreditačních komisí, a to včetně přizvání externích aktérů (zaměstnavatelé, zástupci veřejné správy apod.). Kromě toho se zavede národní registr akademických pracovníků, který bude využíván při posuzování personálního zajištění vzdělávací činnosti při žádostech o její akreditaci a při hodnocení vysokých škol.